蛤蒌有药用价值，它味辛热，归胃、大肠经，温中散寒，用于治疗胃寒呃逆，脘腹疼痛，腹泻。根治风湿骨痛、跌打损伤、风寒咳嗽、妊娠和产后水肿；果序治牙痛、胃痛、腹胀、食欲不振等。
药典记述：
《纲目》：荜茇，为头痛、鼻渊、牙痛要药，取其辛热能入阳明经散浮热也。走肠胃中冷气，呕吐，心腹满痛。
《本草正》：荜茇，其味大辛，须同参、术、归、地诸甘温补剂用之尤效。
《本草便读》：荜拨，大辛大热，味类胡椒，入胃与大肠，阳明药也。温中散寒，破滞气，开郁结，下气除痰，又能散上焦之浮热，凡一切牙痛、头风、吞酸等症，属于阳明湿火者，皆可用此以治之。
《本草正义》：荜茇，脾肾虚寒之主药。惟濒湖谓是头痛、鼻渊要药，取其辛热能入阳明而散浮热。按头痛固有真寒一症之宜用大辛大温者，但鼻渊、牙痛，本皆火症，古人偶用辛散之药，盖亦反佐之义，用作向导，濒湖竟以为散浮热，恐是误会，石顽和之，非也。
《本草拾遗》：温中下气，补腰脚，消食，除胃冷，阴疝，痃癖。
《海药本草》：主老冷心痛，水泻，虚痢，呕逆醋心，产后泄利。
《日华子本草》：治霍乱，冷气，心痛血气。
《本草图经》： 治气痢。
《本草衍义》：
《天宝本草》：治跌打损伤，腰脚痛。