糙米经过浸泡发芽后，生命活力激活，糙米内发生一系列生理生化变化，发生对人体有益的一系列变化，主要包括以下几点：
抗营养因子减少
糙米经过发芽后，其中所含的抗营养因子如植酸和单宁的含量将显著降低，有利于人体对营养物质的吸收。
虽然植酸对人体有抗衰老等有益作用，但是植酸对绝大多数金属离子有极强络合能力，会将种子中的矿物元素如钾、钙、铁、锌、镁等螯合为难溶性的植酸盐，使其不能被人体吸收利用，但种子萌发时，植酸盐水解，使难溶性的植酸盐溶解分离出钾、钙、铁、锌、镁等金属离子。此外，种子发芽使植酸被分解，蛋白酶等才具有活力，才能进一步将蛋白质分解为小分子的肽，进而为种子萌发提供能量。因此，发芽可以有效地降低植酸的抗营养作用，同时植酸降解释放出矿物元素，使种子中的矿物元素呈人体可吸收的游离态。
大分子物质转为人体易于吸收的小分子物质
糙米发芽后，所含的大分子的糖、蛋白及脂类物质会在发芽过程中各种酶原的激活后转化为更有利于人体吸收和代谢的小分子物质。
脂类物质在酶的作用下被分解成甘油和脂肪酸，最后生成能够被人体吸收的糖类，此外，种子发芽的过程中，脂肪酸的分布也会发生变化，不饱和脂肪酸含量减少。
发芽过程同时也是蛋白质降解、合成及相互转化的过程。贮藏蛋白或大分子多肽在蛋白酶的作用下水解，释放出氨基酸或小分子肽。释放出的氨基酸可经脱氨基作用转化为呼吸底物，也可以和小分子肽一起重新合成蛋白质。
谷物发芽过程中，由于生成新的组织、矿物质元素发生转移及干物质的损失，矿物质含量略有增加。谷物在发芽前，钙、镁等矿物质元素大部分与抗营养因子——植酸结合在一起，食用时几乎不为人体所吸收。在发芽过程中，由于植酸酶激活，植酸被分解，结合破坏，矿物质元素释放出来，呈游离态，这些必需成分在人体内的吸收率提高。
活性成分的富集
种子萌发后，一些具有特殊生理功能的物质如GABA在发芽种子内产生或含量得到增加，使发芽的谷类、豆类等不仅营养更丰富，还具有一定的保健功能。
膳食纤维的活化
膳食纤维分为可溶性纤维和不溶纤维两类。美国学者提出，可溶性纤维应占总膳食纤维含量的10%以上才是较适宜的膳食纤维构成。生产上常采取酸解、碱解、酶解三种化学方法和一挤压膨化法对豆渣处理后的大豆膳食纤维进行功能性活化。所以谷物及豆类（特别是皮）中所含的大量膳食纤维是需要进行活化处理，才能被人体更好的吸收和利用，才能达到膳食纤维该有的功效，用以加工各种膳食纤维食品。