甲鱼含有丰富的蛋白质，蛋白质中含有18种氨基酸，并含有一般食物中很少有的蛋氨酸。甲鱼含有易于人体吸引的血铁，还含有天然形态的对铁的吸引有重要作用的维生素B2、叶酸、维生素B6等；含有许多对人的生长和激素代谢有重要作用的锌；含有大量对骨、齿生长有重要作用的钙。此外，甲鱼还含有许多磷、脂肪、碳水化合物等营养成份。甲鱼是我国传统的上等中药材，具有极高的药用价值，是滋阴补肾的佳品，有滋阴壮阳、软坚散结、化瘀和延年益寿的功能。经常食用甲鱼，体内的阴精就能不断得到加强，并起到滋阴潜阳的作用，使人体阴阳恢复到相对平衡的状态，从而达到强身健体、祛病延年的效果。尤其适宜于中老年及体质虚弱者进补。
甲鱼全身是宝，其肉、甲、血、头、胆、卵、脂肪均可入药。甲鱼对肝硬化、脾肿大有治疗作用，还能调节免疫功能，提高淋巴细胞转化率，促进骨髓造血功能；甲鱼血可作补血剂，将甲鱼血和蜂蜜混合后让糖尿病患者饮用，可降低血糖值；甲鱼卵可治久疟，久痢。