藻蓝蛋白可以帮助调节、合成人体代谢所需要的多种重要的酶，对抑制癌细胞的生长和促进人体细胞再生、保养卵巢、促进人体内合成弹力蛋白具有重要作用，同时藻蓝蛋白调节人体免疫系统，增强免疫系统功能，提高人体对疾病的抵抗力。因此，藻蓝蛋白被食品专家形象地誉为“食物钻石”。它在以下方面具有很好的效果。
1、抗癌细胞、抗肿瘤。
藻蓝蛋白已被证明能抑制癌症细胞扩展。科学家研究发现，藻蓝蛋白有明显抑制癌细胞的功能。可以制成抗肿瘤的辅助治疗药物，用以化疗的辅助治疗可增强机体的免疫力。在一项科学实验中，用提取的藻蓝蛋白喂养有肝癌的大鼠发现：经过藻蓝蛋白喂养的大鼠成活率比对照组高得多，在5星期后，治疗组大鼠有90%活下来，而未治疗组只成活25%，8星期后，治疗组有25%的大鼠活下来，未治疗组的大鼠都死了。这说明口服藻蓝蛋白可以提高患有癌症的生物的成活率。
2、抗氧化、清除自由基。
藻蓝蛋白能够促进细胞活性，清除体内自由基、改善卵巢功能、促进人体快速合成弹力蛋白。据科学研究表明，藻蓝蛋白具有刺激红细胞集落生成，类似红细胞生成素(epo)的作用；能够调整白血球和提高淋巴细胞活性的作用；增加体能、促进红血球增长，能增进机体免疫功能，促进生长发育。
3、抗过敏
台湾大学研究团队1月7日发表新研究结果，发现纯化的藻蓝蛋白对所有过敏都具抑制效果。
藻蓝蛋白的另一作用是荧光剂。