褐菖鲉肌肉中EAA/TAA、EAA/NEAA分别为（%）41.15，69.97，均高于鲳鱼（40.08、66.88）、带鱼（38.93、63.75）、大黄鱼（39.31、64.76）、小黄鱼（39.31、64.78）、赤点石斑鱼（40.27、67.42）、稍低于青石斑鱼（42.30、73.30），均超过FAO/WHO的EAA/TAA 40%，EAA/NEAA 60%” 标准，故是一种优质蛋白源。褐菖鲉EAA 比例比较均衡，肌肉有较高的营养价值。
褐菖鲉肌肉中，共检测饱和脂肪酸（SFA）8种，单不饱和脂肪酸（MUFA）5 种，多不饱和脂肪酸（PUFA）6 种；不同脂肪酸含量差异较大，含量在 0.11%～30.31%之间； UFA 占脂肪酸总量的62.66%（其中 MUFA 含量为 15.71%，PUFA 含量为（46.95%）。SFA 脂肪酸占总脂肪酸的 37.33%，SFA中，C16:0 棕榈酸含量最高，达 26.21%。