波纹巴非蛤大多雌雄异体,从外形无法区分性别。当性成熟时,雌性性腺颜色一般为淡黄色,雄性一般为乳白色,但有时并不准确,故性腺颜色也不能作为区分性别的依据,必须镜检配子才能鉴别雌雄。波纹巴非蛤存在雌雄同体现象即当其性腺发育处于生长期,内脏团中可同时观察到雌性滤泡和雄性滤泡。在5-7月份出现频率最高,但仅出现在少部分个体。同时,也伴随着自然性逆转的现象。
波纹巴非蛤生殖方式为有性生殖,体外受精。其性腺发育在闽南海区为一年一个周期,繁殖期在5月中旬至10月,属于多次成熟排卵类型。全年具有两个繁殖高峰:第一个在5月下旬,第二个在10月上旬,而以第一个高峰的亲贝性腺饱满度大,怀卵量也比第二个高峰大,排卵次数多,为该种的主要繁殖季节。5月下旬开始有产卵现象,性细胞陆续成熟,分期分批排放,排精放卵2-3次,每期间隔约15天。这一时期可一直延伸至10月中、下旬。但明显的排放高峰为两次:分别是5月和10月。进入11月份,生殖活动基本结束,此时大部分个体肉质部消瘦,性腺萎缩退化,处于休止期,一直到次年3月份,性腺才重新恢复。
不同地理群体的波纹巴非蛤生殖季节稍有不同,主要与不同海区的海水温度差异密切相关。繁殖期的温度:处于两个繁殖高峰时,福建云霄礁美海区表层水温分别为20.6~26.6℃和27.0~20.9℃,而在间歇期的8月,月平均水温为31.2°C,休止期12~2月,月平均水温为16.4~14.2℃。可见水温的影响对波纹巴非蛤的性腺发育和排精放卵极为重要,温度过高或过低都会使性腺发育停滞。