与其他地方的肥肠烹饪一样，南部肥肠烹饪前首先要用面粉或者醋清洗其表面的附着物，当肥肠呈现出较为光滑的色泽且没有任何怪异之味后，才能将其投入到沸腾的开水中煮。煮的过程实际上就是去掉肥肠表面的脂肪，再次清除其固有的怪味的过程。煮上半个小时后，要将弯曲的肥肠捞出，用温热水清洗一次，然后放置在案板上进行切块。肥肠的切块比较讲究刀法，刀法好则肥肠外观美、易炖煮，刀法差，肥肠要么呈块状、要么呈片状，其“造型”很难吸引食客的眼球。刀法主要针对餐饮行业，普通家庭将其切成什么样式一般不太讲究。
接下来便进入了炖肥肠的过程了。南部肥肠的烹饪学问主要就集中在这个过程。这个过程首先是选择配料。南部肥肠配料不多，以萝卜和海带为主再辅以少量海椒或者花椒之类的调料。之所以要选择萝卜和海带为配料，是因为它们不但具有吸收多余脂肪的功能而且还具有久煮不糊的特点，很适合餐馆里炖上一大锅香喷喷的肥肠等候食客就餐的经营方式。其次是火候的掌握，炖肥肠需要文火而忌讳武火。因为，文火能使肥肠熟透而不熟烂，武火则可能导致肥肠出现局部烂熟而某些地方还夹生的现象。文火炖上三四个小时后，汤锅里要放入适量的红油(海椒面与菜油调制而成)和食盐等，同时要将火候控制在保温的范围内。食用时，盛肥肠的汤碗里要撒上葱段和香菜，这样红中有白，白中有绿、绿中带红，色、香、味俱全的南部肥肠就算做好了。