（1）用于中期核型分析（浓度较高）
抑制有丝分裂，破坏纺锤体，使染色体停滞在分裂中期。
作用机理：秋水仙碱可与微管蛋白二聚体结合，阻止微管蛋白转换，使细胞停止于有丝分裂中期，从而导致细胞死亡。
时间：施放于前期，作用于中期。
（2）用于诱变植物多倍体（浓度较低）
作用部位：常用于处理种子、茎生长点、幼芽、花芽、花粉粒和卵细胞等。
浓度：0.2%浓度的水溶液
处理时间：一天
作用机理：当细胞进行分裂时，一方面能使染色体的着丝点延迟分裂，于是已复制的染色体两条单体分离，而着丝点仍连在一起，形成“X”形染色体图象（称为C-有丝分裂，即秋水仙效应有丝分裂）；另一方面是引起分裂中期的纺锤丝断裂，或抑制纺锤体的形成，结果到分裂后期染色体不能移向两极，而重组成一个双倍性的细胞核。这时候，细胞加大而不分裂，或者分裂成一个无细胞核的子细胞和一个有双倍性细胞核的子细胞。经过一个时期以后，这种染色体数目加倍了的细胞再分裂增长时，就构成了双倍性的细胞和组织。
1、秋水仙碱是诱变多倍体效果最好的药剂之一。
2、着丝点的分离与纺锤体无关，因为在用秋水仙碱处理，破坏微管的情况下，两条单体也可以分开。这是由于Ca离子的诱导，使着丝点分开后，再由纺锤体牵引移向两极，也就是说纺锤体只起牵引染色体的作用。
此外，秋水仙素还有加快染色体运动，使染色体更快的到达两极的作用（浓度很低）。