在牛肉松的生产过程中，从原料到成品的每个生产环节均可能受到微生物污染、化学污染和物理性污染，从而会对消费者健康造成危害。其表现形式主要有微生物污染和药物残留、金属含量超标等，通过对这些危害进行分析和评价，有利于确定危害的严重程度和关键控制点。
1 原辅料及包装材料的验收
原料肉中可能存在物理性危害和药物残留；屠宰操作不规范可能将碎骨留在肉里；屠宰、运输过程不当可能会导致微生物增殖；原料肉中存在寄生虫、包装材料超过保质期和运输储存不当会使微生物大量繁殖；辅料中含有杂质等。这些危害为关键性危害，如控制不严，将会对产品品质及人体健康造成危害。为此原辅料及包装材料应由采购部专门负责，按标准采购，并建立原料登记制。原料必须经过严格检验，必须来源于非疫区并经过卫生检疫的畜牲，这样才能保证原料的安全性；原料必须无污染、新鲜，色泽红润，这样才能保证产品加工的安全性。
2 生产车间的卫生控制
每日工作前，生产场地、用具、工作台必须用高压水龙头冲洗。工作后必须将场地、用具、工作台用50 ℃热水洗干净，并用清水冲洗，定期进行杀菌消毒。工作间的温度要控制在 20 ℃以下，尽量减少微生物的繁殖机会，尤其要防止毒菌的污染和繁殖。
3 蒸煮工序的质量控制
蒸煮过程中，如果残油撇不净，不仅容易使肉松变质，而且不易炒干，并且易于焦锅；蒸煮时若肉纤维能自行散开且达到酥烂的程度，蒸煮即可结束；蒸煮时间为 2.5~3 h，时间过长或过短都将会影响产品品质。
4 炒松工序的质量控制
炒松可以进一步脱水，同时还具有改善风味、色泽及杀菌的作用。在炒制过程中，如炒制时间不足而会使肉松水分含量过高，则会影响产品的口感和保质期；如炒制时间过长，则容易使肉松焦化，形成焦物，影响产品感官。这些危害属关键性危害，会对产品品质造成影响。因此要控制炒制的温度为 50 ℃和时间为 45 min，并在炒制过程中勤翻肉松，使水分均匀快速蒸发，防止因局部过热而形成焦煳，并定期取样作水分检验，如遇不达标者应及时返工，直到炒至符合水分标准含量 10%时为止。
5 包装工序的质量控制
牛肉松制好后，要进行包装，注意事项为：①包装袋的封口白边宽度不大于 1.0 mm，且有白边的数量应低于 10% ；②包装袋正面不得出现白边；③包装袋不得存在假封口，即封口温度达不到规定要求，用手挤压便可以开口的现象；④包装的封口处不得出现明显的打皱、烧焦现象；⑤产品生产日期和批次要打印清晰，不得存在打印日期模糊、掉字和标志不全的现象；⑥产品 QS 标志必须贴在规定的位置，不得存在粘贴位置错误、粘贴不牢固，甚至脱落的现象；⑦已包装好的产品，出现漏气现象时，必须全部挑出，并进行适当处理。
6 预冷处理的质量控制
预冷过程中，主要是对温度和湿度进行控制。温度和湿度过高，都易引起微生物繁殖；预冷时间过长，也会引起细菌污染，同时对产品品质也有一定影响；杀菌时间不当，会使空气杀菌不完全。所以要严格控制预冷温度为 0~35 ℃，湿度小于 50%，杀菌时间为 30 min，并定时检测空气中的细菌数。
7 金属探测
牛肉松加工工序中，可能因设备零件脱落、刀具断裂等原因而将金属碎片带入产品，如不控制，会对人体造成显著危害，这属于关键性危害。通过金属探测仪探测，可控制危害的发生。应对金属探测器定时进行校验，所有产品在出厂前，都要进行金属探测。