黄金大米在为人类缓解 VA 缺乏症的同时， 公众对它的食用安全性仍有争议。
对于评价黄金大米的食用安全性包括：
①转基因的直接影响，包括营养成分、毒性或增加食品过敏物质的可能。 引入水稻中的新基因表达的蛋白质可能是致敏原；或者在大米中新基因与其他蛋白发生交叉反应，或过度表达而引起过敏反应， 特别是对儿童和具有过敏体质的成人，但目前尚无外源基因编码蛋白质有过敏性的直接证据。 2006 年，内布拉斯加大学通过生物信息学方法鉴定黄金大米中插入基因片段表达的蛋白质同所有潜在过敏风险蛋白的交叉反应风险， 同时运用BLASTP 鉴定与报道过敏蛋白的同源性。 结果显示，在黄金大米中，由插入基因合成的蛋白中没有发现任何过敏原。
②黄金大米经由胃肠道的吸收而将基因转移至肠道微生物中 ， 从而对人体健康造成影响 。Guanwen Tang 在研究黄金大米中 VA 的有效性时，对食用黄金大米的志愿者跟踪观察一定时间后，并没有发现任何过敏反应或胃肠道紊乱疾病。 但是该研究结果的局限性在于对志愿者只提供了单一的食物，关于黄金大米对人类的安全性还需要做更长时间的调查研究和大量的累积食用得出明确结论。
目前还没有相关黄金大米毒理的实验研究，Gruere 等通过小鼠急性毒性试验、大鼠长期毒性试验、小鼠微核试验和精子致畸试验验证了携带溶菌酶基因、NPT—II 标记外源基因的转基因大米无明显的毒性和致畸作用。Keiko 对比了饲喂转基因大米和非转基因大米的小鼠一般免疫毒理指标（体重、脏体比、血常规、白细胞分类）、细胞免疫指标（T 淋巴细胞分类、迟发型皮肤变态反应）、体液免疫指标（PFC、血清抗体滴度）以及巨噬细胞功能检测（腹腔巨噬细胞吞噬鸡红细胞试验）来看，均未发现有明显差异，说明转基因大米和传统的母系非转基因大米对小鼠的免疫系统的影响具有实质等同性。 但是，由于转基因技术仍处于发展过程中，国际上生物安全方面评估技术尚不成熟。 用实验动物进行的黄金大米的安全评价经常受到许多除了该食物之外的不确定因素的影响，而人体在长期服用小剂量黄金大米的实验需要符合相关伦理学标准，也造成黄金大米毒理学评价的滞后。