价值
蝙蝠药用价值
蝙蝠可用作一种中药，用于久咳，疟疾，淋病，目翳等。它的粪便也是一种中药，叫夜明砂，用于目疾。
《抱朴子》说：“千岁蝙蝠，色如白雪，集则倒悬，脑重故也。此物得而阴干末服之，令人寿万岁”，《吴氏本草》也说蝙蝠“立夏后阴干，治目冥，令人夜视有光”，《水经》更说蝙蝠“得而服之使人神仙”。
在河南省西峡县双龙镇罐沟村黄家沟的山坡上发现了一个溶洞。洞内有具有药用价值的百年蝙蝠粪——“夜明砂”。洞深600多米，宽处15米，窄处40厘米。洞内三五成群的蝙蝠悬挂在石壁上，它们排下的粪便已堆积近两米多厚，颜色像深褐色的泥土。据介绍，蝙蝠粪具有清热明目去火之功能，其年久堆积药用价值更高。据有关专家测算，这些被医学上称之为“夜明砂”的蝙蝠粪，至少有百年以上的时间，重量约有80多吨，时间之久、数量之多实属全国罕见。
1.《唐本草》：伏翼，以其昼伏有翼尔。《李氏本草》云，即天鼠也。又云：西平山中别有天鼠，十一月、十二月取。其脑主女子痔疮。
2.《纲目》：蝙蝠性能泻人，观治金疮方，皆致下利，其毒可知。
蝙蝠身上还寄生着一些在世界范围内有着最高致病性的病毒——其中包括埃博拉病毒和SARS病毒。一个对两种关系遥远的蝙蝠物种的基因组的比较让人们了解到了在进化的过程当中塑造这些独特哺乳动物的基因变异。Zhang及其他研究人员还发现了已经丢失的——或在选择之下的——与免疫系统有关的基因，它们也许还可帮助解释为什么蝙蝠会是这些疾病的宿主。
蝙蝠医用价值
科学家发现，蝙蝠的免疫细胞永远都是维持在活跃的状态，帮助它能免于疾病，这项重大发现有益于日后研发出对抗病毒等致命疾病的疫苗。
人类的细胞遇到陌生的有机生物体，如细菌、病毒就会启动先天性免疫系统.蝙蝠不像人类只在受到感染时，免疫系统才会启动并做出回应，蝙蝠的免疫系统可是一年 365 天全年无休的启动，来抵抗疾病侵扰。
蝙蝠在生态系统中的价值
目前，生态系统的保护已经是人所共知的话题，而在生态系统的保护中尤其要注意关键物种的保护，一旦这些关键种数量发生大变化，就容易导致生态系统平衡的破坏，在热带和亚热带地区的原始森林中，大蝙蝠亚目的蝙蝠(果蝠)往往是关键种。这里涉及到动植物协同进化的问题：大多数热带植物幼体根本无法在亲本的阴影里正常发育，一些母树甚至产生毒素阻止其幼树成熟(化学他感作用)。因此，植物种子必须传播到远离亲本的地方才能保证种群的繁衍和扩散，果蝠便将大量果实带到远离母树的地方，吃完果实后将种子扔掉，种子落地、发芽、生根，逐渐生长成茂盛的植物。对于无花果一类包含很多小种子的果实，果蝠将整个果实吃掉，种子随后被蝙蝠排泄到各处。研究表明，有些无花果只有经过果蝠或鸟类胃的消化才能发芽。
和依赖动物传播种子一样，很多植物也依靠动物传播花粉，蝙蝠也是重要的传粉者。事实上很多植物的花高度特化甚至专门在夜间开放以吸引蝙蝠。依靠蝙蝠传粉的花，如葫芦树和仙人掌，大多是白色、奶油色和绿色的，而且有强烈的麝香或酸味。当然，这些花是在夜间而不是在白天开放。依靠蝙蝠传粉的花大小不同，其中一些很大且有宽大的花蕊；另外一些则可能具有向外伸出的花瓣，仿佛是为蝙蝠提供了一个平台，在蝙蝠接近花蕊时花粉落到它们身上.当蝙蝠飞到其他植株采食花粉或花蜜时，也就完成了传粉过程。绝大多数小蝙蝠亚目的蝙蝠捕食昆虫，它们是数量巨大的夜行性昆虫(包括蚊 、蛾及许多鞘翅目害虫)最重要的控制者。研究表明：一只蝙蝠每个夜晚能吃掉相当于三分之一自身质量的昆虫，这样，一只20g的蝙蝠一夜可吃掉 200～ 1000 只昆虫，同时蝙蝠又是另一些食肉动物的捕食对象，捕食蝙蝠的动物很多，包括猴子 、狐猴、浣熊、负鼠、猫、猛禽、蛇和一些其他种类的蝙蝠等，其中鸟类和蛇是主要的捕食者。在美洲及非洲中部和南部至少有五种蛇捕食栖息在岩洞和树洞中的蝙蝠。鸟类大多数于黎明在蝙蝠捕食返回时进行捕食，蝙蝠通常被带到栖木上被吃掉，但是有些鸟类为了增加捕食时间而在飞行中吃掉蝙蝠，这些鸟类捕获蝙蝠的量最多可达每日食物需求量的 50%。
蝙蝠在人类生活的价值
蝙蝠是人类的良师， 人类通过模仿蝙蝠的回声定位系统发明了雷达。目前某些国家研制的隐形飞机，在某种程度上也是对蝙蝠的拷贝。在医学上，从吸血蝙蝠唾液中提取的抗凝血蛋白质溶解血栓的速度比目前临床所用的药物快一倍。而食虫蝙蝠的粪便在中药中被称为“夜明砂”，有清热明目的功能。在蝙蝠数量丰富的地区，它们对农林业的害虫起到重要的控制作用，这不仅有利于农林业的健康发展，而且还减少了由于农药大量使用所造成的环境污染。另外，蝙蝠集居地积累的排泄物多个世纪以来一直被人类所利用，在许多热带国家，它是一种经济的、优质的农业肥料。
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