味噌的种类繁多，简单地说，味噌是以黄豆为主原料，再加上盐以及不同的种曲发酵而成，大致上可分为米曲制成的“米味噌”、麦曲制成的“麦味噌”、豆曲制成的“豆味噌” 等，其中米味噌的产量最多，占味噌总产量的八成，比较著名的白味噌、西京味噌、信州味噌等，都是米味噌的一种。若以口味来区别，则可略分为“辛口味噌”及 “甘口味噌”两种，前者是指味道比较咸的味噌，。后者则是味道比较甜、比较淡的味噌，这种口味上的差异是因为原料比例不所造成的，通常曲的比例较重口味，做出来的味噌也较咸，名气颇响亮的“信州味噌”，便是这类辛辛口味噌的代表；至于关西及其他较温暖的地方，因为平日饮食清淡，制作出的味噌口味也较淡，关西的白味噌及九州味噌，都是颇具代表性的甘味噌
就颜色而言，可分为“赤色味噌”及“淡色味噌”两大类，味噌颜色的淡浅主要是受制曲时间的影响，制曲时间短，颜色就淡，时间拉长，颜色也就变深，“仙台味噌”是较具代表性的赤色味噌。
味噌的用途相当广泛，可依个人喜好将不种类的味噌混拌，运用各式料理中；除了台湾人最熟悉的味噌汤外，举凡腌渍小菜、凉拌菜的淋酱、火锅汤底、各式烧烤及炖煮料理等，处处都可见到味噌活跃的踪迹。由于味噌不耐久煮，所以煮汤时通常最后才加入味噌，略煮一下便要熄火，以免味噌的香气流失；若用味噌炖煮食物，可分两次加入味噌，先将2/3的味噌融入煮汁中使食材入味，起锅前再加入其余的味噌提香。