藻体线形、直立,单生或丛生,10~20cm高,可达30cm。基部具假根状固着器固着于基质上,向上产生多个直立轴,可达16cm长,2mm宽。藻体下部的枝扁压、两缘薄,上部枝为亚圆柱形或与体下部的枝相同。羽状分枝4~5次,互生或对生。生长初期,藻体外形呈尖锥形,相当整齐的羽状分枝,但随着藻体的生长,幼期的尖锥外形也随之消失。分枝多少有些曲折,但也有些完全平直,腋角在45°以上,其上生有羽状排列的小枝,长短混杂,没有一定的规律,长枝单条或分枝,各种分枝的末端急尖,枝宽0.5~2mm。石花菜是多年生植物,生长缓慢。