传统药曲的制作流程：
中草药粉 米粉 水陈酒药→拌料→打实 切块→陈曲接种 滚角→入匾保温保湿培养，换匾，并匾→晒干。
中草药的配方各地各人各异，少则10多种多则数十种。下面以福建宁德地区传统方法制作的福建药曲为例做介绍：
福建药曲由36味中药配成--当归，升麻，山奈，川椒，甘松，肉桂，杜仲，黄芪，枝子，薄荷，良姜，陈皮，小回，京介，甘竹，甘草，益智，巴戟天等等。
材料：36味中草药磨成粉，当年早籼谷磨成粉，白观音土，泉水，陈母曲。
药粉，谷粉，观音土，水在大木桶里混合搅拌均匀
揉压紧实成形，切成小块（或用木模）
拌入陈曲粉滚动，让陈曲粉均匀粘在曲块上，过筛筛去粉末，粉末并入下次使用
摆上竹匾，放入密闭的曲房中，多层保温保湿培养3天，待曲块表面长满白色菌丝，逐步开窗透气，在培养2天，待菌丝逐渐长透曲块后，便可出曲
日晒，一次晒干，保存，药曲因曲力强劲，新做的药曲性子太急，得静养半月后方可酿酒，陈1年效果更佳
<<北山酒经>>；中则记载了一种人工接种的方式，即："团成饼子，以旧曲末逐个为衣"。也就是说把新制成的曲团在陈曲粉末上滚动一下， 陈曲末便粘在新曲团的表面，陈曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲团上迅速繁殖，形成生长优势。由于可以人为地选择质量较好的陈曲作为曲种，这就可以择优汰劣。通过年复一年的人工选育，自然淘汰，质量优越的曲种（实际上是微生物菌种）就保留下来了。而天然接种的酒曲，酒曲中微生物的来源主要是水源，原料本身所带入，或者制曲场所及用具。性能优良的菌种无法代代相传，酒质也就无法恒定。
明清时期，小曲中加入种类繁多的中草药，成为这一时期的特点。明《天工开物》中说："其入诸般君臣与草药，少者数味，多者百味，则各土各法，亦不可殚述"。这种传统做法一直延续至现代。周恒刚先生在1964 年搜集的四川邛崃的药曲配方中，有一例，其配方中用药达72味，合计50多公斤，可配1460公斤的原料（《糖化曲》，1964年，中国财经出版社）。但小曲也有少加甚至不加药的。如明代的东阳酒曲中只加辣蓼。宁波白药也是如此。故明代以来，小曲向药曲和无药曲两个方向发展。