黄曲霉毒素是影响花生蛋白品质的主要毒性之一。通过检测分析表明：曲霉菌种(如黄曲霉)在花生里产生的黄fHl霉毒素比其他任何油料种子中都多，这种毒素能引起动物的肝脏病变而致癌，美国规定花生产品中允许的黄怕霉毒素最高限量是20g/kg．日本的标准是最高限量10g/kg，欧盟的标准是最高限量4g/kg。研究表明用气态氨处理，在减少黄曲霉含量方面有效率可达到99%。
影响花生蛋白品质的另一抗营养因索是胰蛋白酶抑制剂、血球凝集素和甲状腺素等抗营养因子，在生花生中胰蛋白酶抑制素只相当于大豆中的20%，但是长期大量食用生花生仍足以引起动物的胰腺肿大，高压处理或热处理均能大大减少胰蛋白酶抑制剂的活性。
花生种皮中除含有约7%丹宁等多酚化合物外，还含有多种色素，其味苦涩。如果不除去花生种皮，会影响花生产品的颜色和味道。
另外，花生中的棉籽糖、水苏糖等胀气糖也是影响花生蛋白质品质的因素，但花生中棉籽糖和水苏糖含量很低，仅相当于大豆中含量的1/7，对花生蛋白品质影响较小。