大部分凤梨月饼常温保存，即开即食。而像冰皮凤梨月饼、冰淇淋凤梨月饼等，则需要从冰箱拿出来放一阵子解冻食用，口味更佳。
凤梨月饼的饼馅一般分为软硬两种，软馅中含水分较多，只能保存7到10天左右，而硬馅凤梨月饼则可保存1个月左右。盒装凤梨月饼，应将盒盖打开，使其通风；另外，因凤梨月饼中含脂肪较多，存放时还应注意避光，以防油脂氧化。
凤梨月饼要轻拿轻放，尤其是苏式凤梨月饼因皮酥松，最容易破碎。如果饼皮脱落，不仅影响外观，而且影响口味、质量，并且易受潮变质。
凤梨月饼含有丰富的油脂和糖分，受热受潮都极易发霉、变质，所以一定要将凤梨月饼存放在低温、阴凉、通风的地方。一般来说，凤梨月饼皮软、水分大、易变质，最好将凤梨月饼连带包装盒一起放入冰箱冷藏室，食用前一小时取出，可保证它的口味。在25℃的气温环境下，杏仁、百果等馅心凤梨月饼可存放15天左右；豆沙、莲蓉、枣泥等馅心凤梨月饼，存放时间则不宜超过10天；如果气温超过30℃，凤梨月饼存放的时间还应该适当缩短，一般不宜超过7天；至于鲜肉、鸡丝、火腿等凤梨月饼，应随买随吃。
凤梨月饼存放时，不宜与其他食品、杂物放在一起，以免串味，失去应有的口味和特色。