上颌呈三角状，长与宽相等，下颌延长成喙状。牙细小、体披细小圆鳞，背面正中线有一条较宽的翠绿色纵带，很显眼。背鳍与臀鳍相对，均位于体后方，胸鳍位高、黄色，尾鳍叉形，呈浅绿色，下叶略长于上叶。马步鱼民间俗称有很多种，因略呈圆柱形又被称为“棒鱼”，因嘴部很尖，呈针型，也被称为“针鱼”。
马步鱼的肌肉几乎是透明，但却有着乌黑的腹膜，因为马步鱼是以细小的藻类碎片和浮游生物为食，如果没有这一层黑色的腹膜隔绝，阳光就会通过它们透明的肌肉，照射到没有完全消化的浮游生物和藻类碎片上，两者发生光合作用，产生一些威胁到它们生命的气体或物质。
马步鱼与大多数“透明”的小鱼都会有深色腹膜，常见的一些鲤科鱼中，生长在不同阶段也会出现腹膜颜色的变化。