瓤豆腐成为名菜，和明朝开国皇帝朱元璋很有关系。朱元璋年幼时家里很穷，他很小就为地主放牛帮助家里，从来没吃过好东西。有一年凤阳遭大灾，朱元璋的父母兄嫂都因饥饿相继死去，他则成了孤儿，便到家乡附近的皇觉寺里出家，当了小和尚。灾年的寺庙也很艰难，朱元璋入寺没几天，就和师兄弟们一起被老和尚派出去化缘。化缘就是乞讨，只不过听起来文雅点。平常光景，乞讨的日子也不好过，何况是灾年。朱元璋在淮北大地上饱一顿、饥一顿地挨了三年，其间的辛酸苦辣难以言尽。
有一次，朱元璋已经几天没讨到吃的东西了，他强打着精神一步挨一步地向前挪动着虚弱的身子，希望能讨得一星半点吃的。好不容易移到一家饭店前，刚要张口乞讨，身体却再也支撑不住了，一头栽倒在饭店的门口。饭店老板见一个穿着破袈裟的小和尚倒在门口，便赶快走出来将他扶起。再看看小和尚手里攥着的肮脏破碗，老板就知道是怎么回事了：这灾荒年头，有几个人能不挨饿呢！饭店老板是个善良的人，他赶紧端来一碗水，慢馒地灌进了朱元璋的嘴里。随着喉咙一阵上下蠕动，朱元璋睁开了眼睛。老板起身端来了饭，并拿来本店的看家菜——瓤豆腐。朱元璋见了吃的，也顾不上念阿弥陀佛了，恨不得—口连碗都吞下去。—阵风卷残云，朱元璋把端来的东西吃得干干净净。这顿饭对朱元璋太及时了。千恩万谢地离开饭店后，走在路上的朱元璋想：这瓤豆腐怎么这样好吃,天下大概没有什么美味比得过瓤豆腐了。几年化缘后，回到皇觉寺的朱元璋时来运转，他应好友汤和之约，参加了元末农民大起义。
十几年后，朱元璋从一个士兵变成了明朝的开国皇帝。做了皇帝的朱元璋自然能经常吃到山珍海味，但凤阳的瓤豆腐却令他始终难忘。不久，他把家乡做瓤豆腐的厨师接到宫庭的御膳房里，专门为朱元璋和朱元璋宴请宾客时做这道菜。瓤豆腐成为贡菜后，名声也就越来越大了。不过，当初的瓤豆腐配料没有后来那样高级，做工也不是很细致。但进入御膳房后，用料等级不断提高，做工也随之改进，经过几百年的发展，逐渐就形成了今天的做法。
也有人认为瓤豆腐是客家菜，出自东江，这与孙中山先生有关。1918年5月，孙在今广东省梅州市梅县区松口镇视察，他偏好豆制品，故当地乡绅准备了瓤豆腐，先生赞不绝口。孙是医学专业出身，重营养，曾创“四物汤”，即以黄花菜、木耳、豆腐、豆芽煨汤，他认为最能补益身体。
1924年，孙中山前往博罗县视察，那是一个贫困县，无以奉馔，听说孙先生喜欢瓤豆腐，就以此宴请他，孙高兴地说：以后各级党的干部来到这里，就吃瓤豆腐，我作为总理都喜欢，他们还敢嫌吗？
孙先生热心中国菜的推广，曾在《建国方略》中说：“中国近代文明进化，事事皆落人之后，惟饮食一道之进步，至今尚为文明各国所不及。”正是在他的推动下，东江瓤豆腐名满天下。
其实，东江瓤豆腐已经是富贵菜了，它在徽菜基础上进行了改造，在肉馅中加入了鱼胶、白胡椒粉等当时价格不菲的材料，在制作上也讲究多了，已非寻常人能消费得起。