生态防治：研究表明前期种植覆盖作物小麦秆、碎木屑等覆盖能显著降低牛膝菊的出苗率。
生物防治：胶孢炭疽菌可作为致病因子使牛膝菊发病。2005年，在印度发现南方根结线虫寄生牛膝菊的现象。在中美洲的马里兰和危地马拉的牛膝菊属植物上发现了122种昆虫和1种螨。这些害虫一部分是植食性昆虫，一部分是传媒昆虫。其中危害最严重的是大叶蝉科和蚜科昆虫，另外一种钻茎的象鼻虫在危地马拉对牛膝菊植物破坏最重。
化学防治：在辣椒移栽后和开花前，用2,4-D处理牛膝菊和粗毛牛膝菊，发现粗毛牛膝菊比牛膝菊更敏感。在苗期和高光强下施药，植株的死亡率更高；在花期施药影响结实率。也有用乙草胺防治牛膝菊。