除供食用外，马齿苋入药亦堪称上品。中医认为，马齿苋性味酸、寒，入大肠、肝、脾经，有清热解毒，消痈利尿之功，马齿苋性寒滑利，最常解血分及大肠热毒，为中医临床治痢常用品。《本草纲目》言其"散血消肿，利肠滑胎，解毒通淋，治产后虚汗"。《滇南本草》言其"益气，清暑热，宽中下气，润肠，消积滞，杀虫，疗疮红肿疼痛"。《生草药性备要》言其"治红痢症，清热毒"。炎炎夏日，是痢疾、肠炎的多发季节，选用马齿苋煮粥服食，既可饱腹充饥，又可防治疾病，可谓一举两得。
药理研究表明，马齿苋有抗菌作用，对志贺氏、宋内氏、斯氏及费氏痢疾杆菌有抑制作用，对伤寒杆菌、大肠杆菌及金黄色葡萄球菌也有一定的抑制作用，这与中医治痢不谋而合，因而有"痢疾克星"之称。
马齿苋对糖尿病也有明显疗效。美国科学家研究发现，马齿苋中含有高浓度的去甲肾上腺素和二羟基苯乙胺(去甲肾上腺素的前体)，动物实验证实，其能够延长糖尿病鼠、兔的寿命。研究证实，马齿苋中的去甲肾上腺素能促进胰腺分泌胰岛素，调整体内糖代谢过程，从而达到降低血糖浓度的效果。
马齿苋对心血管也有保护作用。流行病学调查发现，地中海的居民由于经常食用马齿苋，心脏病和癌症的发病率明显低于其它地区，经常用马齿苋调和在色拉油中食用的法国人，心脏病的发病率也很低。英国科学家研究发现，马齿苋含有w-3脂肪酸，可使血管内细胞合成的抗炎物--前列腺素增多，血栓素A2也增加。前列腺素是血小板聚集抑制剂，有较强的扩张血管活性，血栓素A2是血小板聚集剂和收缩剂。经常食用马齿苋，能降低血脂，保护心血管。