中药无毒副的说法较为流行。其实，凡“药”都有一定的副作用。一些有毒中草药如雷公藤、防已、鱼胆、木通、厚朴、细辛、草乌、苦参、牵牛子等长期应用或过量服用，传统引起肾毒性反应。2012年9月28日，中草药引起肾损伤54例临床观察发现，部分患者有不同的程度的多尿、夜尿增多、脱水、烦渴、恶心呕吐、乏力或水肿、少尿或无尿、轻度蛋白尿、管型尿、血尿、糖尿、高血压等症状。研究表明，木通、厚朴、细辛中含有马兜玲酸可导致肾小管病变。
雷公藤含有多种生物碱和双萜类三环氯化物及细胞类烷化剂，毒性大，可致心、肝、肾、神经等多系统疾病。其中肾毒性可引起肾小管变性或坏死、中毒性肾病、间质性肾炎、肾乳头坏死、急性肾衰。在214例雷公藤中毒者中，死亡64例，其中44例死于急性肾衰。有人报告，有7例病人服木通60克以上，7---10日内死于急性肾衰。中成药引起的过敏反应，以过敏性皮炎最常见，多为局部瘙痒、灼热，或大片红色斑疹，甚至伴有发热、胸闷、恶心呕吐、烦躁不安，严重者可引起心律失常，直至发生溶血反应和过敏性休克而死亡。因此，不可轻视中成药的毒副作用。
治疗疗程问题
服中药不象服西药有严格界定的疗程。一般来说，服中药时间的长短，应根据中药辨证论治理论、病情稳定与否或进展状况，以及同时采用的西医治疗反应以及病人对中药的耐受程度等多种因素来综合考虑。短的可服用几天，如辅助化疗期间对恶心呕吐缓解消化道症状的中药治疗。长的可服几年，如患者康复期服用一些补益类中药，有利于防止复发。临床报道，肠癌患者术后连续服健脾清热解毒中药3----5年，可减少复发。有报道肺癌、乳腺癌和子宫颈癌患者，长期辅助应用扶正中药生存率可提高5---10年。
中药能否与西药同时服用
最好不要同时服用，因西药与中药、中成药之间的复杂关系很难确定，需严防服后产生拮抗作用或协同作用造成不良反应。为使药物被充分吸收，一般习惯把服用中药、西药的时间隔开。
能否用饮料作为“药引”送服中药
一般强调用温开水送服中药。用饮料、茶水等服药有可能降低可破坏药效。例如：茶中含水中含有的单宁酸与带有碱性的中药碰到一起会发生化学反应，产生沉淀减少有效成份，降低药力而影响疗效。当然也有例外，例如姜可乐（也称姜片可乐）。
“煎药之法，最宜深讲，药之效不效，全在乎此”，前人在煎药、服药方面积累了很多的经验。中药汤剂服用得当与否，关系到治疗的疗效。有了这方面的知识，有利于医患间的沟通，也能促进医患间的合作。