传统中药习称黄花蒿为“青蒿”，入药作清热、解暑、截疟、凉血、利尿、健胃、止盗汗用。此外，还作外用药。
入药部位：全草。
性味：辛苦，凉，无毒；寒。
功效：清热解疟，驱风止痒。
主治：伤暑，疟疾。潮热，小儿惊风，热泻，恶疮疥癣。
1、治小儿风寒惊热。《纲目》
2、生叶汁，涂恶疮疥癣及毒虫咬伤。《现代实用中药》
3、清热。《南京民间药草》
用法用量：内服，煎汤，1～3钱。外用，捣敷。
选方：
【仫佬药】埃弄：枝、叶、全草用于疟疾，骨蒸潮热，腹泻。《桂药编》
【阿昌药】尊：治结核潮热疟疾。《德宏药录》
【傣药】牙咩闷（德傣）：全株治外伤。《滇省志》
【藏药】堪那：地上部分治感冒发烧，疟疾，炭疽病。《藏本草》
黄花蒿，是抗疟疾药物青蒿素的主要原料。青蒿素，是一种治疗疟疾的药物，能迅速消灭人体内疟原虫，青蒿素及其衍生物青蒿琥酯、蒿甲醚对脑疟等恶性疟疾有很好的治疗效果，青蒿素类药物可口服、可通过肌肉注射或静脉注射，甚至可制成栓剂，使用简单便捷。但为了防范疟原虫产生抗药性，目前普遍采用青蒿素与其他药物联合使用的复方疗法。
南方民间取枝叶制酒饼或作制酱的香料。牧区作牲畜饲料。