黄花蒿采用种子繁殖。种子发芽温度为8℃-25℃，发芽适温为18℃-25℃，种子贮藏以低温瓶装贮藏最好，黄花蒿种子在低温条件下至少可以保存3年。不同类型、播种期、播种基质及种子贮藏方法对种子发芽有显著的影响，不同类型的种子发芽率有明显差异。
种子繁殖以火土加肥泥为播种基质最好，可获得71%的发芽率，但种子繁殖可使青蒿素含量下降。
黄花蒿可用扦插繁殖。于7-8月份采用顶部枝条作插穗，以火土为基质进行扦插可获得86%-96%的成活率。不同类型、不同部位枝条、不同扦插期及扦插基质对黄花蒿的扦插成活率均有一定的影响。