孔雀石绿是有毒的三苯甲烷类化学物，既是染料，也是杀菌和杀寄生虫的化学制剂，可致癌。本品针对鱼体水霉病和鱼卵的水霉病有特效，现市面上还暂无针对水霉病能够短时间解决水霉病的特效药物，这也是为什么这个产品在水产业禁止这么多年还禁而不止，水产业养殖户挺而走险继续违规使用孔雀石绿的根本原因。其他方面，它也可以用于治疗鳃霉病、小瓜虫病、车轮虫病、指环虫病、斜管虫病、三代虫病，和其他一些细菌性疾病。我国农业部已将孔雀石绿列为水产上的禁药，非食用鱼的观赏鱼还可以使用。
孔雀石绿染料
孔雀石绿可用作丝绸、皮革和纸张的染料。商品孔雀石绿染料，是将色素溶于热草酸溶液，冷却后得草酸盐的结晶，2C23H24N2．C2H2O4。或用盐酸中和后，加定量的氯化锌ZnCl2结晶出氯化锌复盐3C23H25N2CL.2ZnCl2，成为绿色碱性染料，用于染羊毛，丝，皮革等，是专职的染料。
孔雀石绿可用作生物染色剂，把细胞或细胞组织染成蓝绿色，方便在显微镜下研究，可用于植物病毒感染的宿主细胞染色，细菌、芽胞染色，红细胞、蛔虫卵染色。
孔雀石绿杀菌剂
孔雀石绿可用作治理鱼类或鱼卵的寄生虫、真菌或细菌感染，对付真菌Saprolegnia特别有效，渔场的鱼卵会感染这种真菌。孔雀石绿也常用作处理受寄生虫影响的淡水水产。用作抑菌剂或杀阿米巴原虫剂；对脂鲤和鲶鱼等海产动物来说，有高度毒性、高残留等副作用，故使用时，通常只下一半份量。
孔雀石绿其它
用作细菌多醣体试剂；
用作临床诊断试剂(无机磷酸盐的测定)；
用作镓、钽、锑的光度测定；钨的催化光度测定；点滴试验亚硫酸盐和铈、钨；
用作酸碱指示剂，pH 0.0(黄)～2.0(绿)，11.6(蓝绿)～14(无色)；
用作氧化还原指示剂