再制干酪菌种
优质的再制干酪，应具有适当的软硬度和弹性，然而生产中由于原料干酪成熟度低、酪蛋白分解量少，pH值过低或脂肪含量不足、溶融不完全等原因，造成制品组织过硬，影响再制干酪的质量。选择产酸量强、产香性能好、黏度大、有适当蛋白水解性的嗜热菌株，便于凝块的形成，可以缩短生产周期，使产品中的乳糖残留量、热褐变性降低，有利于形成具有良好功能特性和外观的产品。
2002年，生物学家Wilkinson等人对市场上的产酶菌剂（产蛋白酶，非凝乳酶）的工艺特性及其在酶改性干酪生产中的应用进行了研究，指出再制干酪可溶性与酶对蛋白水解程度有密切关系。
2001年，Okamura-Matsui小组已研究出来用发酵蘑菇菌种Schizophyuum Commune的方法生产一种类似干酪的食品，并且同时生产出乳酸盐脱氢酶和凝乳酶，这种类似干酪的食品除了表现预防血栓的特性外，还可抗癌。在100g经过加工的干酪中加入0.2g～0.5g的产色素菌株，可改善干酪的感官特性。近期国际市场普遍使用的微生物谷氨酰胺酶，它能催化酪蛋白和热变性乳清蛋白的交联反应，从而产生一个蛋白增强矩阵。合理使用谷氨酰胺酶可获得蛋白质含量低、持水能力好、得率高的产品，对再制干酪工业发展起着极大的推动作用。
再制干酪乳化盐
再制干酪实际上是由水合态的酪蛋白及乳化盐等混合形成的一种凝胶体系。乳化盐是再制干酪加工中必不可少的一种辅料，它的主要作用是促使基料干酪融化，使其均匀地混合在一起。它的使用恰当与否直接关系到再制干酪成品的构质特征和组织状态的好坏。
印度学者对无酶直接酸化法生产再制干酪的生产工艺进行了详细讨论，他们认为乳化盐的主要作用是脱钙以及与乳酪蛋白的扩散与水合，乳化盐与质构改良剂和增味剂等其他添加剂合理搭配，可以起到改善产品物理特性和感官特性的作用。
1980年，Wilster等人在常用乳化盐中将柠檬酸钾和柠檬酸钠分别按1∶1、1∶2、1∶3、1∶4的比例混合使用，其制品风味、黏稠度、游离脂肪等项指数均好于对照物（以磷酸盐做乳化剂），并指出1∶2为最佳比例，其添加量可控制在1.5%～3.0%。据Savello等人1989年指出，加入2.5%的柠檬酸盐混合液使pH值达到5.5，再将牛奶加热至90℃，制得白色干酪，此干酪被用于再制干酪（含量为33%）的生产，该再制干酪具有良好的涂抹性。2001年，南斯拉夫科学家开发了2种新型乳化剂，即KSS-4（pH值=4）和KSS-11（pH值=11），添加该乳化剂生产的产品用甘氨酸喷涂后包装于聚乙烯纸盒中，其感官及理化指标好于普通产品。2002年，Kwak等人用酪蛋白水解产物作为乳化剂的替代品，该方法可减少制品砂口的舌感，并降低产品的成本。
日本雪印乳公司一项专利报道，在再制干酪加工过程中可用一种可食用金属氨基乙酸代替磷酸盐，在生产过程中加入溶解盐的最大量为3.6%时，自由氨基酸的最大含量为0.1%，含还原基的碳水化合物的最大含量为3.6%，这使再制干酪的含水量达到38%～46%，脂类最大平均粒度达30μm，使再制干酪的口感、风味都有改善。
再制干酪加工工艺
虽然再制干酪生产中一些主要工艺过程是通用的，但其中也存在不少特殊的处理和加工条件的变化。正是由于这些特殊的处理和加工条件的差异，才形成质构和风味各异的制品。目前对乳清蛋白的优化处理，带动了整个再制干酪工业的发展。
在20世纪的后20年，乳品工业普遍运用了膜技术，发展中国家的再制干酪工业也开始应用超滤技术生产新一代乳品配料，不同蛋白含量的低乳糖脱脂奶粉（含牛奶浓缩蛋白和乳清浓缩蛋白）、高蛋白低乳糖的乳清制品应用于再制干酪生产中，可以降低产品的碳水化合物和脂肪含量。现代通过酶改性处理并添加功能基团，得到了具有多种功能性的乳清蛋白组分，以及特殊乳脂组分，这种新乳清加工工艺使得乳清配料的风味和功能性得到了极大的改善，而且物美价廉。用现代工艺处理的乳清与干酪基料融化搅打，使其充分交联多次，组织结构可达到均匀，它能赋予再制干酪优良的风味、视觉效果、质地和组织状态，并能改善延展性、切片性、涂抹性及融化性。
再制干酪贮藏
在保藏过程中，由于脂肪的氧化、成品的冷藏不善、包装破损、异常发酵及霉菌侵入等，都会影响再制干酪的风味，因此应注意成品的保存条件。
随着产品零售商和生产商的不断合并，数量较少的配送中心需要服务比较大的区域。因此产品必须要调整配方，使产品可以经受频繁的搬运和长途运输而不变质。高品质的稳定剂可以解决产品在运输、存储过程中内部结构改变的问题，使产品保质期延长。目前，除使用常用稳定剂外，Bopa等人在再制干酪及其产品中加入0.95%（按质量计）的多糖聚肽，这些多糖将与蛋白质形成复合物，不仅可以提高溶液的黏度，抑制乳清的进一步析出，而且可改善产品的质构和口感，这对于不允许使用植物和动物稳定剂的国家（法国、荷兰等）具有特殊意义。这种产品对人体能产生多种影响，这些影响包括前生命期特性、预防食物抗原反应、抑制流感病毒和霍乱毒素。
2002年，Kristensen等人通过模拟炎热的夏季时零售再制干酪的存放条件，在不同温度和光线下，对经过巴氏灭菌奶油干酪的颜色稳定性和脂类氧化情况应用荧光光谱法进行了测定，研究结果表明，由于温度的变化和荧光灯的照射，该产品会发生变质。为了建立质量控制标准，Pillonel等人于同年研究了4种市场上销售的罐装深冷冻1年的再制干酪的不稳定成分，指出温度对其起决定性影响。为了获得硬质和半硬质再制干酪中的氮含量，Lynch等人又报告了一种用AOAC法920.123实验改良优化菌种生产再制干酪的方法，得到了产品的性能数据，便于控制贮存过程中不利条件的变化。