一、免疫学
豚鼠特别是老龄雌鼠的血清中含有丰富的补体，是所有实验动物中补体含量最多的一种动物，其补体非常稳定，免疫学实验中所用的补体多来源于豚鼠血清。
由于致敏的豚鼠再次接触抗原会引起支气管平滑肌收缩甚至死亡的急性反应，因而豚鼠适合用于研究速发型过敏性呼吸道疾病。注射马血清很容易复制过敏性休克动物模型。豚鼠迟发性超敏反应与人类相似，如皮内结核菌素试验，因而较适合于进行这方面的研究，其中2～3月龄、350～400g的豚鼠最适于过敏反应的研究。
二、传染病研究
豚鼠对多种病原体敏感，常用于病原的分离及诊断。如豚鼠对结核杆菌有高度敏感性，感染后的病变酷似人类的进行性结核病变，是结核菌分离、鉴别、诊断和各种抗结核病药物的筛选以及病理研究最佳动物。
三、药物学
豚鼠妊娠期长，胎儿发育完全，幼鼠形态功能已成熟，适用于药物或毒物对胎儿后期发育影响的试验。
豚鼠对多种抗生素类药物非常敏感，是研究抗生素如青霉素的专门动物。豚鼠还用来研究麻醉药及镇咳药的药效。
四、营养学
豚鼠体内不能合成维生素C，对其缺乏十分敏感，是研究实验性坏血病和维生素C生理功能的理想动物模型和维生素C的生物学检测的标准动物。豚鼠也可用于叶酸硫胺素（VB1）和精氨酸的生理功能，酮性酸中毒、眼神经疾病的研究。
五、耳科学
豚鼠耳壳大，存在明显的听觉耳动反射。耳窝对声波极为敏感， 特别是对 700 ～2000周/秒的纯音最敏感。所以豚鼠常用于听觉和内耳疾病的研究。如噪声对听力的影响、耳毒性抗生素的研究等。
六、悉生学
由于可准确查知豚鼠剖腹产时间，幼仔发育完全,易成活， 所以经常用于悉生生物学的研究。