冷榨法是在温度不超过60℃条件下进行压榨，冷榨油体呈现金黄色。这种方法加工的南瓜籽油可以很好的保留天然成分，是目前广受推崇的加工方式，更多的保留了植物本身的原始风味和营养价值。同时采用6脱工艺，脱腊，脱脂，脱胶，脱酸，脱臭，脱色，过滤油内有害物质。
热榨法是将南瓜子去壳后加热翻炒，然后机械压榨，相比冷榨，为提高出油率，降低成本，高温榨油使植物本身活性物质大量破坏，热榨油体大部分呈现玫红色；超临界流体萃取法或亚临界低温萃取，虽然可以很好的保留油脂中的天然成分，但加工成本偏高，对于南瓜籽油这种非高价位的产品来说是不经济的。
利用水酶法提取南瓜子油,在影响油提取率4个因素(酶解温度、酶添加量、酶解时间和pH)中，酶解温度为主要影响因素,其次是pH、酶解时间、酶添加量。根据正交试验结果得出，提取南瓜子袖最佳工艺条件为:酶解温度55°C、酶解pH6、酶解时间3h、酶添加量0.8%,在此条件下，南瓜子油提取率可达40.6%。此法得到南瓜子油酸价为1.84 mg/g,符合国家卫生标准。