飞蓬容易栽培，生命力强，具有一定的观赏价值。在园林中可布置于花境、花坛或丛植篱旁、山石前，也可作切花；宜做海滨花园的材料。
飞蓬与收载于 1977年版《中国药典》且在临床上用于治疗心脑血管疾病的中药保护品种灯盏细辛为同属同亚组植物。据《长白山植物药志》记载，其根、茎和叶均含鞣质，叶和花中含挥发油；其花和花序可治疗发热性疾病,，种子治疗血性腹泻， 煎剂治胃炎、腹泻、皮疹、疥疮等。 国内外对飞蓬的研究报道极少，仅有关于其化学成分的报道。现代研究表明飞蓬中主要有效成分之一是黄酮，而其中含量较多的是灯盏乙素(又名野黄芩苷)。
飞蓬在蒙药中也有应用，《蒙植药志》记载飞蓬全草主治外感发热，泄泻，胃炎，皮疹，疥疮。