日本营养健康食品协会规定纳豆激酶的每日正常维持量应该不低于2000FU。因此，医学营养专家建议纳豆激酶服用人群的基本用量如下：
1、每日摄取量2000FU，是正常或亚健康人群预防心脑血管疾病用量，多数人在服用7天左右身体出现反应，自觉精力充沛，眼睛干涩症状等开始好转；敏感人群当天即有反应。
2、每日摄取量2000FU-5000FU，是心脑血管疾病患者建议用量，15天左右大多身体出现积极反应，比如手脚冰凉、胸闷心慌、肢体麻木、头晕眼花、失眠等症状逐渐缓解，2-3个月左右血压、血脂指标逐渐向正常值靠拢，待指标正常时可减量至健康维持量。
3、每日摄取量5000FU-7000FU，是心脑血管疾病重病患者建议用量，1月左右自觉症状开始减缓，维持3个月减缓明显，待指标好转后，可逐渐减量。
4、中国人没有纳豆佐餐的习惯，摄入需高于日本标准，每日摄入纳豆激酶达到5000FU以上，更适合国民预防、保健、调理。同时，纳豆激酶的半衰期为8小时，在体内的作用时间为8-12小时，早晚分次服用，可作用全天，让活性成分停留时间更长，更利于吸收，效力更佳。
严重腹泻，呕吐，消化不良者；
需要促凝药物治疗的病患。
皮肤、内脏器官出血、渗血者。
治疗中使用大剂量溶栓药物者。
支架术后人群遵医嘱。
孕妇不推荐食用，手术前后2周暂停食用，以免影响伤口愈合。其它与血液凝集相关疾病，须先请教医生后方可食用。若有大量出血,如血管破裂、意外事故等也应避免食用。如脑溢血患者须在症状发作期后3个月才适合食用。纳豆激酶属于功能性食品不能替代药物。直达小肠吸收，体内作用时间8-12小时。低热量，低蛋白，肥胖及肾病患者可安心食用。与药物同食无抵触且可降低药物的不良反应。