藻类在经济上的重要性主要表现在：
①藻类通过光合作用固定无机碳，使之转化为碳水化合物，从而为水域生产力提供基础。海洋浮游藻的总生产力估计每年为31×109吨碳。在食物链的转换中，1千克鱼肉约需100～1000千克浮游藻，因此浮游藻类资源丰富的海区，都是世界著名渔场所在地，而浮游藻类的产量就成为估算海洋生产力的指标。
②在池塘鱼类养殖中一般根据水色判断水质，而水色是由藻类的优势种及其繁殖程度决定的。如血红眼虫藻占优势种时表现红色水华，说明水质贫瘦；衣藻占优势时呈墨绿色水华且有粘性水泡，表示水质肥沃；微囊藻与颤藻、鱼腥藻占优势时池水呈铜锈色纱絮状水华，味臭有害于鱼；蓝裸甲藻占优势形成的蓝色水华是养殖鲢、鳙、鲤、鲫、非鲫高产鱼池的典型水质之一，但繁殖过盛也会使水质恶化造成鱼类泛池。此外，扁藻、杜氏藻、小球藻等单细胞藻类蛋白质含量较高，是贝类、虾类和海参类养殖的重要天然饵料。
③固氮蓝藻是地球上提供化合氮的重要生物，也是可利用的重要生物氮肥资源。现已知固氮蓝藻有120多种，在每公顷水稻田中固氮量达16～89千克。
④褐藻门的海带、裙带菜，红藻门的紫菜，蓝藻门的发菜，绿藻门的石莼和浒苔等都是重要的食用藻类。
⑤藻类在工业上的用途主要是提供各种藻胶。褐藻门的海带、昆布、裙带菜、鹿角菜、羊栖菜等除供食用外，可作为提碘、甘露醇及褐藻胶的原料。巨藻、泡叶藻及其他马尾藻也可作为提取褐藻胶的原料。褐藻胶在食品、造纸、化工、纺织工业上用途广泛。从石花菜、江蓠、仙菜等可提取琼胶用作医药、化学工业的原料和微生物学研究的培养剂。从红藻门的角叉藻、麒麟菜、杉藻、沙菜、银杏藻、叉枝藻、蜈蚣藻、海萝和伊谷草等藻类中，可提取在食品工业上有广泛用途的卡拉胶。
在食用价值方面，三国吴的陆玑在《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》中记载：“藻生水底，有二种……二藻皆可食，煮熟去腥气，米面糁蒸为茹，甚滑美。荆扬人饥荒以当谷食”；晋代郭璞在《尔雅注》中记载：“海藻……亦可食”；后魏的贾思勰在《齐民要术》中记载：“藻……煮熟，挼去腥气，米面糁蒸为茹，佳美。荆扬人饥荒以当谷食”；宋代梁克家在《淳熙三山志》中记载：“海藻……扬州人以当谷食”。这些记载都表明，中国先民不断发现并挖掘了藻类植物的食用价值，首先发现这类植物食用价值的时间，是在汉代。明代李时珍在《本草纲目》中记载：“海藻近海诸地采取，亦作海菜，乃立名目，货之四方云。”可见，到明代时，藻类植物已经作为一种常见蔬菜，在不同地域间流通。
在药用价值方面，《神农本草经》记载：“海藻，味苦，寒。主瘿瘤气，颈下核，破散结气，痈肿症瘕坚气，腹中上下鸣，下十二水肿”；成书于梁的《名医别录》记载：“海藻，味咸，无毒。主治皮间积聚，暴溃，留气热结，利小便”；唐代《新修本草》记载：“海藻，味苦、咸，寒，无毒。主瘿瘤气，颈下核，破散结气、痈肿、症瘕、坚气，腹中上下鸣，下十二水肿。疗皮间积聚，暴溃，留气热结，利小便”；明代《本草纲目》记载：“水藻……甘，大寒，滑，无毒”，并引证唐代的《本草拾遗》记载：“去暴热热痢，止渴，捣汁服之。小儿赤白游疹，火焱热疮，捣烂封之”；清代的《本草逢原》记载：“海藻，苦咸寒，小毒。反甘草”，并引证《神农本草经》的记载：“主瘿瘤结气，散颈硬核，疗痈肿症瘕坚气，腹中上下雷鸣，下十二种水肿”。这些记录说明，中国先民在很早的时候就已经开始注意到藻类植物的药用功能，并不断深入挖掘整理。现代的研究也证实马尾藻科的植物具有药用价值。